Compartimentul de Gastroenterologie este la etajul V al Institutului și dispune de 5 paturi (o rezervă cu 2 paturi și un salon cu 3 paturi). Pacienții internați beneficiază de paliație endoscopică a cancerelor tubului digestiv prin tehnici de endoscopie intervențională: montare PEG, montare proteze esofagiene, montare proteze biliare, montare proteze colice, dar și de tehnici diagnostice și terapeutice avansate: ecoendoscopie și biopsie, polipectomie, mucosectomie, etc.
Laboratorul de Endoscopie Digestivă, aflat la parterul clădirii principale, reprezintă un centru modern de endoscopie digestivă diagnostică și terapeutică dotat cu aparatură ultra HD, aparat C-ARM și cautere de ultimă generație. Există o sală dedicată EDS, o sală dedicată colonoscopiilor cu sedare, o sală pentru endoscopie intervențională ERCP EUS-FNB și o sală de trezire / supraveghere după explorare.